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REACT4KIDS

Diversité du transcriptome des cellules souches

Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon, UMR5286 U1052

 

Membres

– GABUT Mathieu, CRCN INSERM
– DURAND Sébastien, CRCN INSERM
– DUCRAY François, Neuro-oncologue PUPH, HCL
– MEYRONET David, Neuro-pathologiste MCU-PH, HCL
– BARRITAULT Marc, Assistant hopitalo-universitaire, HCL

 

Thématique de recherche générale en oncopédiatrie

Notre équipe a pour objectifs de mieux définir le rôle de l’épissage alternatif et de la plasticité des ribosomes dans la régulation des mécanismes moléculaires qui contrôlent le maintien de l’identité des cellules souches normales (CSE) et cancéreuses (CSC). Nos travaux visent en particulier à :
1- définir la fonction des programmes d’épissage exprimés dans les CSE et les CSC pour le maintien des propriétés de pluripotence et d’auto-renouvèlement de ces cellules.
2- identifier les facteurs et les voies de signalisation qui coordonnent ces programmes d’épissage dans les cellules souches.
3- démontrer l’existence de ribosomes spécialisés dans les CSE et caractériser leur rôle dans le contrôle de la traduction.
4- caractériser l’impact du contrôle de la traduction sur l’homéostasie de CSE et les propriétés tumorigéniques des CSC.

Nous combinons différentes approches transcriptomiques, de biologie cellulaire et de biophysique afin de mieux caractériser le rôle émergent de mécanismes post-transcriptionnels de l’expression des gènes dans le contrôle des propriétés intrinsèques et de l’identité des CSE ainsi que des CSC responsables de tumeurs cérébrales pédiatriques (médulloblastomes) et chez l’adulte (glioblastomes).

 

Publications

Durand S, Franks T, Lykke-Andersen J: “Hyperphosphorylation amplifies UPF1 activity to resolve stalls in nonsense-mediated mRNA decay”. Nat Comm. 2016 7:12434 (PMID: 27511142)

Mocquet V, Durand S, Jalinot P: “How Retroviruses Escape the Nonsense-Mediated mRNA Decay?” AIDS research and human retroviruses, 2015. (PMID: 26066561)

Toma KG, Rebbapragada I, Durand S* and Lykke-Andersen J*: “Identification of 3’UTR Elements that Inhibit Nonsense-Mediated Decay” RNA 2015. (5):887-97. (PMID: 25805855)

Ruiz S, Lopez-Contreras AJ, Gabut M, Marion RM, Gutierrez-Martinez P, Bua S, Ramirez O, Olalde I, Rodrigo-Perez S, Li H, Marques-Bonet T, Serrano M, Blasco MA, Batada NN, Fernandez-Capetillo O. “Limiting replication stress during somatic cell reprogramming reduces genomic instability in induced pluripotent stem cells.” Nat Commun. 2015. 6:8036. (PMID: 26292731)

Han H, Irimia M, Ross PJ, Sung HK, Alipanahi B, David L, Golipour A, Gabut M, Michael IP, Nachman EN, Wang E, Trcka D, Thompson T, O’Hanlon D, Slobodeniuc V, Barbosa-Morais NL, Burge CB, Moffat J, Frey BJ, Nagy A, Ellis J, Wrana JL, Blencowe BJ. MBNL proteins repress ES-cell-specific alternative splicing and reprogramming. Nature. 2013. 498(7453):241-5. [PMID: 23739326]

Durand S and Lykke-Andersen J: “Nonsense-mediated mRNA decay occurs during eIF4Fdependent translation in human cells”. Nat Struct Mol Biol., 2013. 20(6):702-9. (PMID: 23665580)

Gabut M. Pluripotence des cellules souches: quand l’épissage alternatif s’en mêle. Médecine Sciences. 2012. 28(4):372-4. [PMID: 22549864]

Gabut M, Samavarchi-Tehrani P, Wang X, Slobodeniuc V, O’Hanlon D, et al. An Alternative Splicing Switch Regulates Embryonic Stem Cell Pluripotency and Reprogramming. Cell. 2011. 17(1):132-146 [PMID: 21924763]

Durand S and Lykke-Andersen J: “Nonsense-mediated mRNA decay”. Cell. 2011. 145(2):324-324.e2. (PMID: 21496649)

 

Contact

mathieu.gabut@inserm.fr