Structuration d’une plateforme de bioinformatique dédiée à l’oncologie pédiatrique

Etat des lieux : Les données –omiques issues de l’analyse de biopsies des enfants et adolescents atteints de cancers constituent un réservoir d’informations déterminant pour identifier des marqueurs de diagnostic et de pronostic, les nouveaux drivers oncogéniques, les mécanismes physiopathologiques à l’origine de ces cancers, et pour définir finalement de nouvelles cibles thérapeutiques. Cependant, la rareté des cancers pédiatriques complique la constitution de cohortes et impose de repenser le partage et la mutualisation des échantillons et des données issues de leur analyse, afin d’augmenter la puissance de ces études et d’optimiser la circulation des résultats sous une forme exploitable au sein de la communauté scientifique.

Problème : Au cours des 5 dernières années, des données -omiques ont été générées et sont disponibles dans des bases de données publiques. Le désarchivage, le traitement et l’analyse de ces données sont chronophages et nécessitent des compétences en bioinformatique/biostatistiques, dont les équipes de recherche en biologie sont largement dépourvues.

Solution : Nous travaillons donc à la création d’une plateforme regroupant des expertises en bioinformatique et biostatistiques, dédiée à l’analyse rétrospective des données -omiques disponibles dans les bases sur les cancers de l’enfant/adolescent et ouverte à l’ensemble des scientifiques du réseau REACT4KIDS.

Objectifs majeurs :
– Recenser et actualiser les jeux de données disponibles dans les bases
– Favoriser l’accessibilité et mettre à disposition ces jeux de données, sous forme normalisée ou sous forme brute pour les membres du réseau
– Étudier la possibilité d’agréger des jeux de données pour générer des cohortes de plus grande taille
– Traiter et analyser les données en fonction des projets scientifiques soumis par les membres du réseau